Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
- Vụ Pháp chế.
- Văn phòng.
- Thanh tra.
- Cục Quản lý chất lượng.
- Cục Nhà giáo và Cán bộ quản lý giáo dục.
- Cục Công nghệ thông tin.
- Cục Hợp tác quốc tế.
Các đơn vị sự nghiệp công lập, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ bao gồm:
- Viện Khoa học Giáo dục Việt Nam.
- Báo Giáo dục và Thời đại