Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) đặt ra những yêu cầu phát hiện các trình tự axit nucleic đặc hiệu bằng microarray thế nào?

Nội dung chính

• Phạm vi áp dụng của Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) thế nào?
• Các thuật ngữ cần nắm trong Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) là gì?
• Kết quả phát hiện các trình tự axit nucleic đặc hiệu bằng microarray được biểu thị thế nào?
• Quy định về báo cáo thử nghiệm thế nào?

Phạm vi áp dụng của Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) thế nào?

Theo Mục 1 Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) nêu rõ phạm vi áp dụng như sau:

- Tiêu chuẩn này đưa ra các thuật ngữ về việc phát hiện trình tự axit nulceic cần tìm sử dụng các ADN chip để phát hiện axit nucleic.

- Tiêu chuẩn này áp dụng cho tất cả các phương pháp sử dụng microarray để phát hiện các axit nucleic.

- Tiêu chuẩn này quy định các quy trình xác nhận và các tham số của phép phân tích sinh học phân tử, bao gồm phát hiện và nhận biết các trình tự axit nucleic đặc thù.

- Tiêu chuẩn này được xây dựng để cung cấp các khuyến nghị và quy tắc đối với:

+ thiết kế và sản xuất microarray,

+ đánh giá xác nhận lai đặc hiệu,

+ đánh giá xác nhận liên phòng thử nghiệm đối với các phương pháp định tính,

+ xác định các giới hạn phát hiện của microarray,

+ xác định các dải tín hiệu tin cậy, và

+ các tiêu chí đánh giá hiệu năng kỹ thuật của microarray platform.

- Tiêu chuẩn này không bao gồm:

+ quá trình đo định lượng;

+ các yêu cầu chuẩn bị mẫu trước khi thực nghiệm ADN chip.

Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) đặt ra những yêu cầu phát hiện các trình tự axit nucleic đặc hiệu bằng microarray thế nào?

Các thuật ngữ cần nắm trong Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) là gì?

Theo Mục 3 Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) nêu rõ những thuật ngữ trong Tiêu chuẩn như sau:

- Giới hạn phát hiện đối với microarray platform (limit of detection for microarray platform): LODP

Lượng tương đối thấp nhất của chất ngoại chuẩn (hoặc mẫu chuẩn) có thể phát hiện được bằng thực nghiệm với mức tin cậy 95 %, cho số bản sao và/hoặc nồng độ chất ngoại chuẩn (hoặc mẫu chuẩn) xác định (xác định/ước lượng được).

- Dải tín hiệu tin cậy (range of reliable signal)

Khả năng (trong dải nhất định) cung cấp các kết quả tỷ lệ thuận với nồng độ và/hoặc số bản sao của chất ngoại chuẩn (hoặc mẫu chuẩn).

- ADN Chip (DNA microrray/DNA chip):

Cơ chất rắn, nơi tập hợp các đoạn dò ADN được sắp xếp theo thiết kế cụ thể được gắn với mật độ cao, trực tiếp hoặc gián tiếp, để phân tích một lượng lớn vật liệu sinh học bằng cách sử dụng phương pháp sàng lọc với số lượng lớn.

- Đoạn dò ADN (probe DNA)

Sợi đơn axit nucleic có trình tự xác định dùng để nhận diện các đoạn axit nucleic khác có trình tự bổ sung với nó.

- Platform (platform): Thiết bị hỗ trợ công nghệ microarray (hoặc DNA chip).

- Phát hiện huỳnh quang (fluorescence detection): Phương pháp phát hiện lai sử dụng đoạn dò ADN cố định bằng đo tín hiệu huỳnh quang.

- Phát hiện màu (colorimetric detection): Phương pháp phát hiện lai sử dụng đoạn dò ADN cố định bằng đo tín hiệu màu.

- Phát hiện điện hóa (electrochemical detection): Phương pháp phát hiện lai bằng cách đo dòng điện của một điện cực mà trên đó đoạn dò ADN được cố định.

- Chất ngoại chuẩn (external measurement Standard): Vật liệu hoặc cơ chất được chuẩn bị để kiểm tra tính tương thích của phương pháp phân tích dựa trên microarray, có giá trị đặc tính nhận được là giá trị đồng thuận dựa trên phép thử nghiệm cộng tác dưới sự bảo trợ của một nhóm khoa học hoặc kỹ thuật.

- Lai chéo (cross-hybridization): Sự gắn kết không đặc hiệu của đoạn dò ADN vào axit nucleic không phải đích.

Kết quả phát hiện các trình tự axit nucleic đặc hiệu bằng microarray được biểu thị thế nào?

Theo Mục 5 Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) nêu rõ biểu thị kết quả phát hiện các trình tự axit nucleic đặc hiệu bằng microarray như sau:

- Yêu cầu chung

+ Không biểu thị kết quả dạng ký hiệu + và -.

+ Không biểu thị kết quả âm tính dưới dạng “không có trình tự đích”.

- Biểu thị kết quả âm

+ Các câu sau đây hoặc tương ứng phải được thể hiện trong báo cáo thử nghiệm.

+ Trình tự đích Y ADN/ARN (đặc hiệu) không phát hiện được.

+ LODP của phương pháp là X được xác định bằng ABC (mô tả chất ngoại chuẩn).

- Biểu thị kết quả dương

+ Các câu sau đây hoặc tương ứng phải được thể hiện trong báo cáo thử nghiệm.

+ Trình tự đích Y ADN/ARN (đặc hiệu) đã phát hiện được.

+ Có thể bao gồm cả việc nhận dạng đích, nếu biết.

+ Có thể gồm cả nhận dạng GMO, nếu biết.

- Biểu thị kết quả không xác định

+ Phương pháp đã được đánh giá xác nhận bao gồm các tiêu chí mà từ đó kết quả đo quan sát được có thể được chấp nhận là có giá trị. Các tiêu chí chấp nhận/không chấp nhận đối với phép phân tích phải được mô tả.

+ Báo cáo thử nghiệm phải bao gồm thông tin về độ lệch chuẩn lặp lại và độ lệch chuẩn tái lập.

+ Khi ít nhất một phần thử nghiệm cho kết quả không xác định, thì lặp lại phép phân tích.

+ Nếu việc lặp lại của phép phân tích xác nhận kết quả không xác định, thì báo cáo thử nghiệm phải gồm các thông tin sau:

++ "Kết quả không xác định";

++ lý do không thể thu được kết quả cuối cùng (ví dụ: ảnh hưởng chất ức chế, các chất gây nhiễu v.v...).

Quy định về báo cáo thử nghiệm thế nào?

Theo Mục 6 Tiêu chuẩn quốc gia TCVN 11934:2017 (ISO 16578:2013) quy định về báo báo thử nghiệm việc phát hiện các trình tự axit nucleic đặc hiệu bằng microarray phải được thực hiện như được quy định trong các tiêu chuẩn áp dụng (ví dụ TCVN ISO/IEC 17025).

Báo cáo thử nghiệm phải ít nhất bao gồm các thông tin sau:

- mọi thông tin cần thiết cho việc nhận biết đầy đủ về mẫu;

- ngày nhận mẫu;

- mọi thông tin cụ thể liên quan đến mẫu phòng thử nghiệm và bất kỳ hạn chế kèm theo có thể áp dụng;

- mọi thông tin liên quan đến mẫu thử nghiệm (loại, số lượng mẫu);

- các điều kiện liên quan đến vận chuyển mẫu, cũng như bảo quản, nếu có;

- ngày và quy trình lấy mẫu được sử dụng, nếu có;

- mô tả phương pháp chiết axit nucleic đã sử dụng;

- nhận biết phương pháp phân tích và mô tả chung về quy trình microarray là cơ sở của phương pháp phân tích;

- kiểm chứng dương và kiểm chứng âm;

- loại chất ngoại chuẩn (hoặc mẫu chuẩn);

- kết quả LODP thực nghiệm và dải tín hiệu tin cậy đối với phép phân tích phát hiện;

- cách tính toán và mô hình sử dụng để thu được kết quả phân tích;

- các điểm quan sát được trong quá trình thử nghiệm.